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Le bassin versant de la Veyle recoupe en surface la nappe phréatique des cailloutis de la Dombes, ressource d'eau potable stratégique alimentant notamment une grande partie de l'agglomération de Bourg-en-Bresse.
A l'endroit de la transition topographique entre le plateau dombiste et la plaine bressane, cette nappe affleure à la surface en plusieurs points, se manifestant par la présence de sources, de ruisseaux phréatiques et de zones marécageuses.
Ces milieux possèdent un rôle écologique et hydrologique d'une importance inversement proportionnelle à la surface, très limitée, qu'ils occupent à l'échelle du bassin versant, notamment :
- Support de biodiversité : de nombreux espèces inféodées aux milieux humides ou très humides vont y trouver un biotope favorable : batraciens (tritons, sonneur à ventre jaunes, rainette verte...) libellules (Agrion de Mercure...), végétation herbacée ou arbustive (carex, orchidées...). Les petits ruisseaux parcourant ces marais, alimentés toute l'année uniquement par la nappe d'une eau froide d'excellente qualité, abritent des espèces piscicoles très exigeantes du point de vue de la qualité de leur milieu, telles que la Lamproie de Planer et l'Epinochette.
- Soutien d'étiage des rivières : en période de forte sécheresse, ces zones de résurgence fournissent l'essentiel du débit des rivières, dont la Veyle, permettant la persistance d'un débit et l'existence de "réservoir biologique" permettant la survie des espèces aquatiques pendant cette période
- Stockage du carbone : le ralentissement des processus biochimique de minéralisation au sein de ces substrats saturés d'eau permet une accumulation de la matière organique des végétaux en décomposition dans le sol, en lieu et place de sa dégradation entraînant le relargage sous forme de CO2 des chaînes carbonées qui la composent.
Les principales menaces pesant sur ces milieux sont certains grands projets industriels susceptibles de les détruire, tels que les exploitations de granulats. de manière moins radicale, une mauvaise gestion de ces surfaces (par le creusement de fossés de drainage, l'apport de remblai, ou l'abandon conduisant à leur fermeture et leur banalisation par croissance des boisements).
(Photo : l'Être, cours d'eau phréatique traversant le marais des Molières à Buellas)